Высшим органом управления Назарбаев Университета, Интеллектуальных школ и Фонда является Высший попечительский совет, который возглавляет Елбасы Нурсултан Назарбаев.
В компетенции Высшего попечительского совета входит: утверждение стратегии развития, уставов Университета, Интеллектуальных школ и Фонда; порядка распоряжения имуществом; формирование Попечительских советов Университета, Интеллектуальных школ и Фонда; реорганизация или ликвидация Университета, Интеллектуальных школ и Фонда.