Университеттің, Зияткерлік мектептердің және Қордың жоғары басқару органы Жоғары қамқоршылық кеңес болып табылады, оны Елбасы Нұрсұлтан Әбішұлы Назарбаев басқарады.
Жоғары қамқоршылық кеңестің құзыретіне Университеттің, Зияткерлік мектептер мен Қордың даму стратегиясын, жарғыларын; мүлікке билік ету тәртібін бекіту; Университеттің, Зияткерлік мектептер мен Қордың қамқоршылық кеңестерін қалыптастыру; Университетті, Зияткерлік мектептері мен Қорды қайта құру немесе тарату жатады.